Bên cạnh giá trị tâm linh, chùa còn là một biểu tượng của nghệ thuật kiến trúc truyền thống Việt. Chùa Bà Châu Đốc tạo nên một bức tranh hài hòa giữa thiên nhiên và con người. Ngôi chùa được xây dựng chủ yếu từ gỗ quý, với những đường nét chạm trổ tinh xảo, tỉ mỉ. Cổng chùa mang dáng vẻ uy nghi, trên đó có các bức phù điêu hình rồng, phượng, cùng với các loài chim, hoa và cảnh vật, tạo nên một bức tranh sống động, phong phú.
Mái chùa, với sắc đỏ của ngói, tạo nên một điểm nhấn đặc biệt giữa bầu trời và núi rừng. Mái ngói được lợp theo kiểu mái bằng, với những đường cong mềm mại, phản ánh sự uyển chuyển và hòa mình với thiên nhiên. Chùa Bà Châu Đốc không chỉ là một địa điểm tâm linh mà còn là một tác phẩm kiến trúc nghệ thuật, phản ánh sự sáng tạo và tinh túy của văn hóa Việt Nam.
Kiến trúc độc đáo của Chùa Bà Châu Đốc An Giang