Từ đầu những năm 2000, được sự quan tâm của Phòng TDTT (Cục Quân huấn-Bộ Quốc phòng) và lãnh đạo Trung tâm TDTT Quốc phòng II, QK7, Bộ môn Vovinam được tổ chức thêm tuyến trẻ, năng khiếu.
Liên tiếp các năm 2000 đến năm 2007, đội tuyển Vovinam Quân đội luôn là giữ vững vị trí hạng nhì toàn đoàn và đem về hàng chục HCV về cho Trung tâm và ngành Thể dục thể thao Quân đội. Đặc biệt, tại Đại hội Thể dục thể thao toàn quốc lần thứ 4 năm 2002, đội khẳng định được vị trí thứ 2 toàn đoàn với thành tích 13 huy chương (4 HCV, 3 HCB, 6 HCB).
Những tên tuổi nổi bật trong giai đoạn này: Phạm Đoàn Trâm Anh, Nguyễn Hoàng Sơn Tùng, Võ Trần Hoàng Mai, Nguyễn Thị Tuyết Loan, Hầu Thăng Bình, Nguyễn Võ Tiết Hồng Quân, Trần Văn Thời…
Những năm tiếp theo, Vovinam Quân đội luôn giữ vững thành tích của mình. Tại Đại hội Thể dục thể thao toàn quốc lần 5 năm 2006, một lần nữa đội hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao với 10 huy chương (3 HCV, 4 HCB, 3 HCĐ) với 3 nhà vô địch Đại hội là các võ sĩ: Bùi Thanh Vỹ (60kg), Phan Quốc Cường (54kg), Đỗ Thị Bạch Tuyết (57kg)…
VĐV Bùi Thanh Vỹ nhận bằng khen của Bộ Tư lệnh Quân khu 7. Ảnh: Hồng Long.